I lavori iniziati alla fine del XVI secolo si protrassero fino al 1638; la chiesa venne consacrata il 19 aprile 1646 e da allora non ha subito modifiche strutturali.
Ideata secondo i canoni costruttivi vignoleschi, ha una sua caratteristica unica ed è stata un modello per gli architetti trapanesi successivi. La chiesa è a croce latina, con un’unica navata affiancata da quattro cappelle e quattro oratori, e misura 54 x 10,50 metri; nella crociera le dimensioni sono 26,10 x 10 metri.
Partendo dal centro della facciata interna della chiesa e procedendo da sinistra verso destra, si possono ammirare undici statue dello scultore trapanese Cristoforo Milanti, che rappresentano le Virtù: Fortezza, Zelo, Carità, Sapienza, Dottrina, Elemosina, Eloquenza, Costanza, Prudenza.
Sulle pareti orientali del transetto sono collocate la Mansuetudine a sinistra e l’Umiltà a destra. La decorazione delle pareti della chiesa è stata concepita in armonia con le tele poste sopra le Virtù. Sopra la Fortezza si trova la tela con San Giovanni da Capestrano in battaglia; sopra la Prudenza, i quattro Dottori della Chiesa; sopra la Costanza, i Protomartiri Francescani; sopra l’Elemosina, San Ludovico d’Angiò; sopra lo Zelo, San Bonaventura; sopra la Carità, San Bernardino che predica; sopra la Sapienza, Duns Scoto che disputa con un altro francescano sull’Eucaristia; sopra la Dottrina, San Luigi IX di Francia. Nel transetto, sopra la Mansuetudine, si trova l’Adorazione del Crocifisso, e sopra l’Umiltà, la Vestizione di Santa Chiara.
Il coro, invece, è adornato con sei statue di pontefici dell’Ordine Francescano: Niccolò IV, Sisto IV, Gregorio IX, Alessandro V, Sisto V e Giulio II.
